Analyses du microbiome cutané

Analyse et caractérisation du microbiote de la peau

Le microbiote de la peau est constitué de milliards de micro-organismes, couvrant diverses espèces, vivant en communauté et étroitement liés à la santé de la peau. De plus en plus, cette microflore est étudiée à l'aide de solutions génomiques. Ces technologies ouvrent de nouvelles perspectives pour le développement de produits de soins cosmétiques et de traitements personnalisés pour les peaux atopiques. Grâce à son expérience et son savoir-faire, GenoScreen a ainsi développé une solution complète pour l'analyse du microbiome cutané.

Ce que la génomique apporte à notre compréhension du microbiome cutané

La métagénomique représente l'approche la plus complète et innovante pour caractériser et étudier les microbiomes, permettant d'avoir accès à l’ensemble des microorganismes présents dans tout échantillon, et à leur potentiel fonctionnel en identifiant des gènes d’intérêt impliqués dans des voies métaboliques ayant une influence sur la santé de la peau.

Dans ce cadre, GenoScreen intervient à différentes étapes de tout projet de recherche et développement sur le microbiome cutané. Nos solutions génomiques couvrent les objectifs suivants :

• Études d’impact sur le microbiote cutané d’un produit cosmétique ou d’un ingrédient actif.
• Etudes cliniques en dermatologie ou dermocosmétique pour évaluer l’effet de traitement sur les pathologies affectant la peau.
• Projets exploratoires en R&D axées sur le microbiome cutané
• Objectivation d’actifs et preuves de concept des effets de tels ingrédients sur les micro-organismes présents sur l’épiderme
• Support de la communication scientifique avec des résultats d’études prêts pour leur publication.
• Validation d’allégation scientifiques pour démontrer l’interaction d’un produit avec le microbiome de la peau et mieux comprendre son mode d’action.
• Certification d’allégations « microbiome friendly» et « microbiome tested», confirmant auprès des consommateurs l’innocuité d’un produit cosmétique pour la santé de la peau et l’intégrité de son microbiome.
• Tests d’ingrédients prébiotiques, probiotiques, postbiotiques
• Collaboration R&D pour des projets d’études exploratoires des communautés microbiennes : détection de biomarqueurs, analyses ciblées, par exemple.

Nos solutions pour le test et l’analyse du microbiome cutané :

De votre question biologique initiale à sa réponse technique, nous mettons en commun notre savoir-faire et nos technologies pour vous apporter la solution la plus adéquate pour répondre aux besoins de votre projet.

Principalement réalisées à partir d’échantillons cutanés prélevés sur de l’humain, dans le cadre d’études in vivo , nos analyses peuvent être conduites sur d’autres modèles : peau humaine de synthèse (RHE), explants et culturomique (échantillons in vitro ou ex vivo).

Métagénomique

La clé pour comprendre les interactions entre l’épiderme, sa santé et sa flore microbienne.

• Métagénomique ciblée « Short read » : La première étape d’analyse du microbiote cutané. Sur une plateforme de séquençage Illumina, la métagénomique ciblée en short read permet d’obtenir un aperçu global des genres taxonomiques des microorganisms en présence dans les échantillons issus d’écouvillonnage sur la peau. L’identification de la microflore cutanée repose sur le séquençage de la région 16S de l’ADN ribosomique (rDNA) pour les cibles bactérienne ou sur la région 18S/ITS du rDNA pour les cibles fongiques.

• Métagénomique ciblée « Long read » : La solution la plus adaptée à l’analyse et la caractérisation du microbiome de la peau. La métagénomique long read permet d’aller plus loin, plus précisément dans l’identification taxonomique, au niveau de l’espèce. Un avantage considérable quand il est question de distinguer les différentes espèces d’importance pour la santé de la peau. Basée sur une plateforme PacBio ou Oxford Nanopore Technologies (ONT), la métagénomique en long read permet également une comparaison plus détaillée entre les échantillons.

• Métagénomique Shotgun : Description précise et complète de tous les génomes de micro-organismes dans chaque échantillon. La métagénomique Shotgun offre un potentiel fonctionnel du microbiome cutané, au-delà de la caractérisation de toutes les espèces en une seule analyse comme les procaryotes (bactéries, levures et autres champignons) et les petits eurcaryotes. Grâce au séquençage de nouvelle génération (NGS) sur une plateforme Illumina, cette approche non ciblée offre une vision globale des génomes de tous les organismes constituant le microbiote cutané et donne accès à une quantification en valeur relative de leur contenu et de leur proportion dans chaque échantillon. Avec cette technologie, l'annotation des gènes est permise 
  

• • Prise en compte de tous les microorganismes en présence (tous domaines, règnes et genres confondus) en une seule analyse
  • Quantification relative des populations au sein des échantillons
  • Vue d’ensemble complète du génome du microbiote
  • Annotation des gènes d’intérêt
  • Accès au potentiel fonctionnel du microbiome de la peau

Bioinformatique

• Expertise technique

Notre plateforme de bioinformatique base son travail sur des bases de données et des pipelines spécifiques des microbiomes cutanés, développés en interne, et permettant une analyse en profondeur des communautés microbiennes.

• Décrypter le microbiome de la peau

Nous fournissons, à travers des rapports interactifs, un panorama complet du microbiote cutané intégrant, entre autres paramètres, les suivants : alpha-diversité et beta-diversité, distance entre les échantillons et comparaison de leur composition.

• Interface simple d’utilisation

L’interface est à la fois interactive pour l’utilisateur et d’autre part bâtie dans un format tel qu’il permet son utilisation pour des publications ou de la communication scientifiques, des dossiers réglementaires ou d’études cliniques, tout en rendant son contenu accessible et compréhensible pour l’utilisateur.

Approches qPCR

La conception et l’ingénierie d’amorces spécifiques à une espèce ou souche composant le microbiome cutané, et de sondes spécifiques pour leur quantification, ce dans divers types d’échantillons : in vivo , ex vivo , in vitro.

La PCR quantitative en temps réel permet une évaluation rapide, robuste et fiable des effets de l’applications de produits de soin de la peau sur le microbiote cutané.

GenoBiome Skin

Solution globale d’analyse du microbiome cutané, adaptable à chaque projet, à partir d’échantillons prélevés in vivo. Un large panel de solutions d’analyses génomiques bénéficiant de l’accompagnement et de l'expertise de notre équipe de microbiologistes et de bioinformaticiens. GenoBiome Skin est basé sur un pipeline complet, du design du protocole expérimental avec nos experts, en passant par le séquençage et le traitement des données en bioinformatique, jusqu'au rendu et à l'interprétation des résultats. Parmi la gamme de réponses technologiques pouvant s’appliquer dans le cadre de GenoBiome Skin, on retrouve notre portefeuille métagénomique ainsi que l'analyse personnalisée de souches spécifiques.

GenoBiome Skin constitue à ce jour la solution la plus avancée pour vous accompagner dans vos projets de recherche et de développement sur le microbiote de la peau.

• Design expérimental de tests in vivo
• Protocole standardisé d’échantillonnage cutané
• Fourniture de matériel de prélèvement (écouvillons, swabs)
• Protocole de conservation et d’expédition des échantillons
• Pipeline d’analyse sur mesure, avec des méthodes d’extractions pour les biomasses rares et une stratégie de séquençage optimisée
• Bases de données et outils bioinformatiques spécialisés pour analyser le microbiome cutané
• Rapports interactifs, prêts à être publiés
• Interprétation des résultats : plus que des données de séquençage, nous donnons des réponses à vos questions biologiques
• Accompagnement tout au long de votre projet, jalonnés par des rendez-vous de suivi réguliers

Intéressés par nos solutions pour votre projet ? Contactez-nous et communiquez-nous les paramètres de votre future étude : nombre d’échantillons, protocole initial (fréquence de prélèvements), panel sélectionné, objectif (question biologique), réponse recherchée et technologie associée (quel niveau d’analyse vous intéresse-t-il), nos équipes se chargeront de vous fournir une réponse rapide et adaptée.

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