Le séquençage Long read – Un allié de taille pour améliorer la précision de vos analyses génomiques
Le séquençage long read, aussi appelé Single Molecule Sequencing (SMS), est le cœur du séquençage de 3ème génération. Porté par les technologies Oxford Nanopore Technologies (ONT) et Pacific Biosciences (PacBio) le long read permet le séquençage de longs fragments d’ADN ou d’ARN (théoriquement infini) alors que les technologies short-reads limitaient la lecture à des fragments de taille maximale de 600pb.
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Dans quels contextes pratiquer un séquençage long read ?
En 2022, GenoScreen a été certifié prestataire de services par Oxford Nanopore Technologies. Cette reconnaissance vient compléter notre expertise déjà établie sur la technologie PacBio. Grâce à la maîtrise de ces deux approches de séquençage long, nous sommes en mesure de répondre de manière encore plus précise à vos besoins en génomique et en métagénomique.
Le séquençage Long read [...] Dans quels contextes pratiquer un séquençage long read ?
Résoudre les régions répétées et faciliter l'assemblage des génomes
Les séquences d'ADN contiennent souvent des régions répétées qui posent des défis pour les techniques de séquençage traditionnelles. Le séquençage long read permet de lire à travers ces répétitions, fournissant ainsi une meilleure résolution des régions génomiques complexes.
Détecter les variants structuraux
Les variants structuraux sont des variants de grande taille, comme des inversions, des duplications ou encore des translocations pour les génomes eucaryotes, qui vont modifier la topologie du génome et peuvent avoir des effets phénotypiques importants.
Améliorer la résolution taxonomique dans les études de métagénomique
En métabarcoding, il est essentiel d'identifier précisément les espèces présentes dans un échantillon. Le séquençage long read permet de lire des séquences plus longues, ce qui augmente la précision de l'identification taxonomique en utilisant des régions génétiques spécifiques. Par exemple, la séquence complète du gène codant l’ARN ribosomique 16S, marqueur classique utilisé en métabarcoding. De ce fait, le séquençage long read permet de distinguer plus efficacement ces espèces proches (séquences génétiques similaires dans ces régions).
faciliter les analyses de transcriptomiques et d'épigénétiques
Le séquençage long read présente également l'avantage de détecter nativement les modifications épigénétiques dans les génomes, en mettant en évidence des marqueurs de méthylation au niveau de certains nucléotides. De plus, cette technologie permet d’identifier les isoformes des transcrits générés par l’épissage alternatif lors d’analyses transcriptomiques, sans nécessiter de traitements spécifiques préalables des échantillons.
Les applications détaillées du séquençage long-read
Biodiversité microbienne
Explorer la biodiversité microbienne avec le séquençage long-read
Chez GenoScreen, notre expertise repose sur l'étude minutieuse des communautés microbiennes par approche métagénomiques. Nous vous proposons une approche novatrice en utilisant le séquençage pleine longueur du gène 16S avec notre approche métagénomique Hi-Res. Cette méthodologie permet une identification taxonomique plus précise, avec la capacité de distinguer les bactéries non seulement jusqu'à l'espèce, mais parfois même jusqu'à la souche pour une résolution sans précédent.
Découvrez comment notre technologie avancée peut vous ouvrir de nouvelles perspectives dans l'exploration microbienne.
Caractérisation de génomes
Le séquençage long-read pour mieux caractériser les génomes
Le séquençage du génome entier (WGS) offre la possibilité de séquencer de longs fragments d'ADN de manière isolée en long-read ou en combinaison avec des lectures courtes (short-reads). En long-read, il devient un outil puissant pour la détection de variations structurelles et la génération d'assemblages continus. Pour la circularité pour les bactéries ou de l'échelle chromosomique pour les petits eucaryotes, le séquençage long-read apporte une précision et une résolution accrues. En short-read, le séquençage long-read permet d’atteindre des sommets de précision. Cette combinaison de lectures courtes et longues permet d'obtenir des assemblages de novo complets et très précis, qui trouvent des applications variées, notamment dans la génération de génomes de référence.
Contrôle qualité renforcé
Le contrôle de qualité renforcé avec le séquençage de plasmides
Dans le domaine de la biologie moléculaire, les plasmides jouent un rôle central, allant de la production de protéines à l'ingénierie des génomes et à la thérapie génique. Assurer l'intégrité des plasmides est primordial, et c'est là que le séquençage long-read entre en jeu. Contrairement aux méthodes traditionnelles de séquençage Sanger, qui ne vérifient qu'une partie restreinte du plasmide, le séquençage long-read permet une analyse complète et simultanée du backbone et des inserts. Il est donc possible de valider à la fois la structure du plasmide, la bonne insertion ainsi que la séquence de l’insert. Chez GenoScreen, nous vous offrons la possibilité de renforcer votre contrôle de qualité grâce à la technologie de pointe d'Oxford Nanopore Technologies.
