Qualité microbiologique des sols

La génomique permet le développement d’une nouvelle agriculture, une approche plus holistique qui se penche sur les interactions entres les plantes et les microorganismes.
Elle permet, notamment, de mettre en évidence des interactions que peuvent avoir les bactéries, levures et champignons du sol avec les différentes cultures, qu’elles soient annuelles ou pérennes.
GenoScreen a développé son expertise en la matière, en participant, en position de pionnier, à des projets nationaux BIMM-SOL ou GenoSol, portant sur la qualité microbiologique des sols.

L’offre GenoScreen pour le diagnostic de la composante microbiologique des sols

GenoScreen vous aide à identifier la composition microbiologique des sols, à en révéler les propriétés et à agir sur celles-ci, au travers d’apports d’intrants ou en modifiant vos pratiques culturales. Parmi nos prestations et solutions :

• L'étude de la composante microbiologie des sols : taxonomie des microorganismes présents et mesure de la balance fongiques/bactériens
• L'identification et la caractérisation des biointrants (biostimulants et biopesticides) et l’étude de leurs impacts sur la qualité microbiologique des sols
• L'étude de la composition microbiologique des sols à différents temps et sous différentes conditions (cultures, labours, intrants, climats …)
• L'accompagnement de travaux de recherche portant, notamment, sur le développement de nouveaux intrants

Techniques et méthodes d’étude des sols

Nos analyses se basent sur les dernières technologies de séquençage (Illumina, PacBio et ONT) et font appel à une large palette d’outils d’analyse moléculaire et bioinformatique :

• Le NGS : Etudes des génomes avec les dernières technologies de séquençage
• Le métabarcoding moléculaire : Etude taxonomique de populations microbiennes
• La métatranscriptomique : Analyse de l'ensemble des gènes des microorganismes présents dans un échantillon et de leurs fonctions (Le transcriptome)
• La métagénomique ou génomique environnementale : Etude du contenu génétique d'échantillons présents dans un écosystème
• La qPCR : Quantification de microorganismes d’intérêt présents dans un échantillon

Ces analyses et les conclusions et solutions qu’elles permettent, nécessitent de pouvoir interroger des référentiels de données génomiques caractérisées. Ces données référentes se trouvent dans des bases de données, plus ou moins spécialisées et plus ou moins documentées. A cet égard, notre société dispose des clés d’entrée dans les meilleures bases et du savoir-faire requis pour en tirer le meilleur parti.

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