Métagénomique - Une analyse puissante des communautés d’organismes
Chez GenoScreen, nous transformons les données métagénomiques en insights exploitables, grâce à des analyses sur mesure et un accompagnement scientifique de pointe.
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Pourquoi choisir la métagénomique ?
La métagénomique permet d’analyser la diversité et le fonctionnement des communautés microbiennes directement dans leur environnement, sans culture préalable. Elle offre une compréhension approfondie de la composition, des interactions et des fonctions du microbiome, ouvrant la voie à des applications majeures en santé humaine et animale, dermocosmétique, environnement et biotechnologies industrielles.
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+20 ans d'expérience
en génomique
& métagénomique
La métagénomique : notre expertise
Notre expérience nous a aidé à développer et à affiner des méthodologies robustes et adaptées à la singularité de chaque type d'échantillon, garantissant ainsi la pertinence et la fiabilité de vos résultats.
Vous serez accompagné(e) par une équipe multidisciplinaire d'experts en bioinformatique et microbiologie, assurant une prise en charge complète et personnalisée de votre projet.
L'assurance qualité au cœur de notre démarche
Nous avons mis en place un système de contrôle qualité interne systématique et exhaustif permettant de valider la performance de nos protocoles et d'assurer l'intégrité de vos résultats.
Vous bénéficierez de résultats clairs et interactifs, conçus pour une compréhension approfondie et une exploitation optimale de vos données.
Conformité aux normes GCLP
analyses rigoureuses
& traçables
Des méthodologies adaptées à chaque type d’échantillon
Chaque matrice biologique ou environnementale est unique et nécessite une approche spécifique. Grâce à notre expertise, nous avons développé des protocoles optimisés pour différentes matrices :
Microbiote intestinal
Microbiote cutané
Microbiote des sols
Autres matrices
Autres matrices ? Notre expérience nous permet d’adapter nos méthodologies à une large variété d’échantillons. Discutons-en ensemble !
Notre différence : des analyses maîtrisées de bout en bout
Contrôle qualité
Un contrôle négatif est systématiquement inclus pour détecter les contaminations croisées et garantir l’intégrité des analyses. Chaque série comporte également un contrôle positif (communauté microbienne standardisée) permettant de valider la préparation des échantillons, de calibrer les outils bioinformatiques, et d’évaluer la sensibilité et la spécificité des pipelines analytiques.
Rendus exploitables
Rendus compréhensibles et commentés par nos experts PhD. Possibilité de restitution orale pour contextualiser les résultats, quel que soit votre niveau en bioinformatique.
Nous proposons des technologies de séquençage ADN entièrement adaptées à vos objectifs analytiques : Illumina (short-read) pour des lectures précises à haut débit, et PacBio (long-read) pour une résolution longue, idéale pour la caractérisation fine des génomes microbiens.
Selon le niveau d’analyse souhaité, nos protocoles sont disponibles en métabarcoding (16S, 18S, ITS) pour une approche ciblée, ou en shotgun métagénomique pour une exploration exhaustive de la diversité microbienne, tant taxonomique que fonctionnelle.
De plus, la profondeur de séquençage est ajustée en fonction de vos besoins spécifiques, en tenant compte de la richesse et de la complexité du microbiote étudié (qu’il soit d’origine humaine, animale, végétale ou environnementale).
First-Res
First-Res
Métabarcoding (Illumina)
Type d'analyse
Séquençage ciblé
Régions 16S/18S/ITS
Applications principales
Identification globale des micro-organismes (Genre)
Objectifs principaux
Identification globale des micro-organismes présents dans un échantillon.
Technologie utilisée
Séquençage ciblé de l’ADN ribosomique (16S/18S/ITS) avec la technologie Illumina (short reads).
Exemples d’applications
Études d’impact du microbiote intestinal humain et animal après traitement de probiotiques.
Analyse de la biodiversité des sols en fonction des pratiques agricoles.
Résolution taxonomique ultra-fine (au-delà de l’espèce).
Analyse complète du potentiel fonctionnel des communautés microbiennes. Détection des gènes d’intérêt (antibiorésistance, virulence, métabolisme).
Technologie utilisée
Séquençage ciblé de l’ADN ribosomique 16S/18S/ITS, par la technologie Illumina short-read.
Exemples d’applications
Études d’impact du microbiote intestinal humain et animal après traitement de probiotiques.
Analyse de la biodiversité des sols en fonction des pratiques agricoles.
Comprendre quelles fonctions microbiennes sont actives à un instant donné.
Identifier les voies métaboliques clés en réponse à un stress ou traitement.
Technologie utilisée
Séquençage combiné ADN (métagénomique) et ARN (métatranscriptomique).
Exemples d’applications
Étude de l’effet des prébiotiques et probiotiques sur le microbiote intestinal.