GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST ou MLVA (dont MIRU-VNTR)

MultiLocus Sequencing Typing (MLST)

Le typage par séquençage MLST (MultiLocus Sequencing Typing) est la technique de référence pour discriminer différentes souches. Cette méthode est basée sur le séquençage de « gènes de ménage » (house-keeping genes) codant pour des protéines essentielles de la bactérie. Ces séquences ont la particularité de présenter un polymorphisme stable dans le temps et suffisant pour distinguer des souches entre elles.

Cette méthode permet la caractérisation d’un microorganisme dont le genre (ou l’espèce) est connue, pour identifier l’espèce (ou la sous-espèce) grâce au séquençage de 7 gènes de ménage.

Le MLST par GenoScreen

L’offre de service MLST de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, le séquençage sur séquenceur capillaire, l’analyse des séquences et l’assignation de la souche.

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Règne / KingdomClasse / ClassOrdre / OrderEspèce / Species
AnimaliaMyxozoaMultivalvulidaKudoa septempunctata
AnimaliaRhabditophoraPlagiorchiidaClonorchis sinensis
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesCorynebacterium diphtheriae
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesCutibacterium acnes
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium abscessus complex
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium spp.
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesRhodococcus equi
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesStreptomyces spp.
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBartonella bacilliformis
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBartonella henselae
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBartonella washoensis
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesBrucella spp.
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesCandidatus Liberibacter solanacearum
BacteriaAlpha ProteobacteriaRhizobialesSinorhizobium spp.
BacteriaAlpha ProteobacteriaRickettsialesAnaplasma phagocytophilum
BacteriaAlpha ProteobacteriaRickettsialesOrientia tsutsugamushi
BacteriaAlpha ProteobacteriaRickettsialesWolbachia spp.
BacteriaBacilliBacillalesBacillus cereus
BacteriaBacilliBacillalesBacillus licheniformis
BacteriaBacilliBacillalesBacillus subtilis
BacteriaBacilliBacillalesMacrococcus canis
BacteriaBacilliBacillalesMacrococcus caseolyticus
BacteriaBacilliBacillalesPaenibacillus larvae
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus aureus
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus epidermidis
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus haemolyticus
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus hominis
BacteriaBacilliBacillalesStaphylococcus pseudintermedius
BacteriaBacilliLactobacillalesCarnobacterium maltaromaticum
BacteriaBacilliLactobacillalesEnterococcus faecalis
BacteriaBacilliLactobacillalesEnterococcus faecium
BacteriaBacilliLactobacillalesLactobacillus salivarius
BacteriaBacilliLactobacillalesMelissococcus plutonius
BacteriaBacilliLactobacillalesPediococcus pentosaceus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus agalactiae
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus anginosus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus bovis complex
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus canis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus dysgalactiae
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus equinus complex
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus faecalis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus gallolyticus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus gordonii
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus mitis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus mutans
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus oralis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus pneumoniae
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus pyogenes
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus salivarius
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus suis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus thermophilus
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus uberis
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus viridans
BacteriaBacilliLactobacillalesStreptococcus zooepidemicus
BacteriaBacteroidetesPorphyromonadaceaePorphyromonas gingivalis
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesAchromobacter
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesBordetella spp.
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesBurkholderia cepacia complex
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesBurkholderia pseudomallei
BacteriaBeta ProteobacteriaBurkholderialesTaylorella spp.
BacteriaBeta ProteobacteriaNeisserialesNeisseria spp.
BacteriaChlamydiaeChlamydialesChlamydiales spp.
BacteriaClostridiaClostridialesClostridioides difficile
BacteriaClostridiaClostridialesClostridium botulinum
BacteriaClostridiaClostridialesClostridium septicum
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesArcobacter spp.
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesCampylobacter spp.
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesHelicobacter cinaedi
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesHelicobacter pylori
BacteriaEpsilon ProteobacteriaCampylobacteralesHelicobacter suis
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesFlavobacterium psychrophilum
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesOrnithobacterium rhinotracheale
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesRiemerella anatipestifer
BacteriaFlavobacteriaFlavobacterialesTenacibaculum spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaAeromonadalesAeromonas spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaCardiobacterialesDichelobacter nodosus
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesCitrobacter freundii
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesCronobacter spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesEdwardsiella spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesEnterobacter cloacae
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesEscherichia spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesKlebsiella aerogenes
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesklebsiella michiganensis
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesKlebsiella oxytoca
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesSalmonella spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesYersinia pseudotuberculosis
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesYersinia ruckeri
BacteriaGamma ProteobacteriaEnterobacterialesYersinia spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesGallibacterium anatis
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesHaemophilus influenzae
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesHaemophilus parasuis
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesMannheimia haemolytica
BacteriaGamma ProteobacteriaPasteurellalesPasteurella multocida
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesAcinetobacter baumannii
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesMoraxella catarrhalis
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesPseudomonas aeruginosa
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesPseudomonas fluorescens
BacteriaGamma ProteobacteriaPseudomonadalesPseudomonas putida
BacteriaGamma ProteobacteriaThiotrichalesPiscirickettsia salmonis
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesPhotobacterium damselae
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio cholerae
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio parahaemolyticus
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio spp.
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio tapetis
BacteriaGamma ProteobacteriaVibrionalesVibrio vulnificus
BacteriaGamma ProteobacteriaXanthomonadalesStenotrophomonas maltophilia
BacteriaGamma ProteobacteriaXanthomonadalesXylella fastidiosa
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma agalactiae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma bovis
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma flocculare
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma hominis
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma hyopneumoniae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma hyorhinis
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma iowae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma pneumoniae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesMycoplasma synoviae
BacteriaMollicutesMycoplasmatalesUreaplasma spp.
BacteriaSpirochaetesBrachyspiralesBrachyspira spp.
BacteriaSpirochaetesLeptospiralesLeptospira spp.
BacteriaSpirochaetesSpirochaetalesBorrelia spp.
BacteriaSpirochaetesSpirochaetalesTreponema pallidum subsp. pallidum
ChromistaOomycotaSaprolegnialesSaprolegnia parasitica
ExcavataParabasaliaTrichomonadidaTrichomonas vaginalis
FungiBlastocystaeBlastocystidaBlastocystis sp.
FungiEurotiomycetesEurotialesAspergillus fumigatus
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida albicans
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida glabrata
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida krusei
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesCandida tropicalis
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Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)

Le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) est une méthode d’analyse génétique du polymorphisme des motifs VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) basée sur leur dénombrement. Lors d’une première étape, chaque locus VNTR ciblé est amplifié par PCR avec des amorces spécifiques des régions flanquantes. Les fragments obtenus sont ensuite séparés en fonction de leur taille par électrophorèse sur séquenceur capillaire. Le génotypage de chaque locus et la compilation des résultats obtenus pour chaque échantillon permet d’assigner à la souche un code numérique spécifique à une sous-espèce.  

La méthode MLVA permet la caractérisation d’un microorganisme dont l’espèce est connue, pour identifier, a minima, la sous-espèce grâce au typage d’allèles et comparaison aux banques de données MLVA. Cette méthode ne nécessite pas d’étape de séquençage ADN et est plus discriminante que la méthode MLST. Elle permet ainsi de différencier des sous-espèces proches (espèces clonales).

Le MLVA par GenoScreen

L’offre de service MLVA de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, l’électrophorèse sur séquenceur capillaire, l’analyse des données obtenues et l’assignation de la souche.

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Règne / KingdomClasse / ClassOrdre / OrderEspèce / Species
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium tuberculosis
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium bovis
BacteriaActinobacteriaActinomycetalesMycobacterium avium
BacteriaGamma ProteobacteriaThiotrichalesFrancisella tularensis
FungiSaccharomycetesSaccharomycetalesSaccharomyces cerevisiae

L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins, en lien avec les données disponibles pour votre espèce.

MIRU-VNTR : la solution MLVA pour le typage de Mycobacterium tuberculosis

La solution MIRU-VNTR développée par nos équipes est utilisée par de nombreux centres de soins et équipes de recherche sous forme de kit ou de prestation de service. GenoScreen est le leader mondial pour le génotypage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose

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