L'information génomique au service de la santé de l'Homme et de son environnement
Séquençage
Le séquençage long read, aussi appelé Single Molecule Sequencing (SMS), est le cœur du séquençage de 3ème génération.
Porté par les technologies Oxford Nanopore Technologies (ONT) et Pacific Biosciences (PacBio) cette 3ème génération permet le séquençage de longs fragments d’ADN ou d’ARN (théoriquement infini) alors que les technologies short-reads limitaient la lecture à des fragments de taille maximale de 600pb.
GenoScreen vous propose, par l’utilisation de ces 2 technologies, de répondre encore plus précisément à vos besoins en génomique et en métagénomique. En effet, en plus de l’accès à la technologie PacBio, GenoScreen a été certifié prestataire de service par Oxford Nanopore Technologies depuis 2022.
Les avantages du séquençage Long-read en génomique
Résoudre les régions répétées et faciliter l’assemblage des génomes
Les séquences d'ADN contiennent souvent des régions répétées qui posent des défis pour les techniques de séquençage traditionnelles. Le séquençage long read permet de lire à travers ces répétitions, fournissant ainsi une meilleure résolution des régions génomiques complexes.
Détecter les variants structuraux
Les variants structuraux sont des variants de grande taille, comme des inversions, des duplications ou encore des translocations pour les génomes eucaryotes, qui vont modifier la topologie du génome et peuvent avoir des effets phénotypiques importants.
Améliorer la résolution taxonomique dans les études de métagénomique
En métabarcoding, il est essentiel d'identifier précisément les espèces présentes dans un échantillon. Le séquençage long read permet de lire des séquences plus longues, ce qui augmente la précision de l'identification taxonomique en utilisant des régions génétiques spécifiques. Certaines espèces peuvent présenter des séquences génétiques similaires dans ces régions. Le séquençage long read permet de distinguer plus efficacement ces espèces proches en lisant des fragments plus longs de leur ADN comme par exemple la séquence complète du gène codant l’ARN ribosomique 16S, marqueur classique utilisé en métabarcoding.
Faciliter les analyses de transcriptomiques et d’épigénétiques
Le séquençage long read présente également l'avantage de détecter nativement les modifications épigénétiques dans les génomes, en mettant en évidence des marqueurs de méthylation au niveau de certains nucléotides. De plus, cette technologie permet d’identifier les isoformes des transcrits générés par l’épissage alternatif lors d’analyses transcriptomiques, sans nécessiter de traitements spécifiques préalables des échantillons.
Les applications du séquençage Long-read
Explorer la Biodiversité microbienne avec le séquençage Long-read
Chez GenoScreen, notre expertise repose sur l'étude minutieuse des communautés microbiennes par approche métagénomiques. Nous vous proposons une approche novatrice en utilisant le séquençage pleine longueur du gène 16S avec notre approche métagénomique Hi-Res. Cette méthodologie permet une identification taxonomique plus précise, avec la capacité de distinguer les bactéries non seulement jusqu'à l'espèce, mais parfois même jusqu'à la souche pour une résolution sans précédent. Découvrez comment notre technologie avancée peut vous ouvrir de nouvelles perspectives dans l'exploration microbienne.
Le séquençage Long read pour mieux caractériser les génomes
Le séquençage du génome entier (WGS), une démarche fondamentale en génomique, bénéficie grandement des capacités du séquençage long-read. Cette technologie offre la possibilité de séquencer de longs fragments d'ADN, qu'ils soient utilisés de manière isolée en long-read, ou en combinaison avec des lectures courtes (short-reads). Lorsqu'utilisé exclusivement en mode long-read, il devient un outil puissant pour la détection de variations structurelles et la génération d'assemblages continus. Qu'il s'agisse de la circularité pour les bactéries ou de l'échelle chromosomique pour les petits eucaryotes, le séquençage long-read apporte une précision et une résolution accrues. Lorsqu'associé au séquençage short-read, le séquençage long-read permet d’atteindre des sommets de précision. Cette combinaison de lectures courtes et longues permet d'obtenir des assemblages de novo complets et très précis, qui trouvent des applications variées, notamment dans la génération de génomes de référence.
Le Contrôle de Qualité Renforcé avec le Séquençage de Plasmides
Dans le domaine de la biologie moléculaire, les plasmides jouent un rôle central. Ils sont utilisés pour diverses applications, allant de la production de protéines à l'ingénierie des génomes et à la thérapie génique. Assurer l'intégrité des plasmides est primordial, et c'est là que le séquençage long-read entre en jeu. Contrairement aux méthodes traditionnelles de séquençage par méthode Sanger, qui ne vérifient qu'une partie restreinte du plasmide, le séquençage long-read permet une analyse complète et simultanée du backbone et des inserts. Il est donc possible de valider à la fois la structure du plasmide, la bonne insertion ainsi que la séquence de l’insert. Chez GenoScreen, nous vous offrons la possibilité de renforcer votre contrôle de qualité grâce à la technologie de pointe d'Oxford Nanopore Technologies.
Découvrez les applications du long read pour...
L’engagement de GenoScreen : Offrir une expérience client exceptionnelle pour vos besoins en séquençage
Accompagnement : du montage de votre projet au rendu des résultats, une équipe experte sera au plus proche de vous.
Adaptabilité : Nous adaptons nos méthodes, nos solutions aux dimensions de votre projet afin de répondre au mieux à votre problématique biologique
Expertise : depuis plus de 20 ans l’étude des micro-organismes est au cœur de notre travail.
Réactivité : nos équipes sont mobilisées pour répondre le plus rapidement à votre besoin, pour vous apporter le support nécessaire au-delà même du rendu des résultats.
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GenoScreen est l’un des acteurs majeurs proposant des services de séquençage et d’analyse génomique au niveau national et international. Son expertise repose sur la combinaison d’une expérience unique en analyses génomiques, l’utilisation de technologies de pointe, le développement et la mise à disposition d’outils exclusifs en bioinformatique et de services de recherche et développement. GenoScreen vous propose une palette très large de services de séquençage, des techniques les plus classiques au plus avancées.
Sanger
Les services de séquençage Sanger GenoScreen s’adaptent à tout type de projets : ampleurs, délais et fréquences de réalisation, pour une lecture comprise entre 100 et 1200 pb.
NGS
GenoScreen propose une gamme complète de services de séquençage nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) en s’appuyant sur les dernières technologies (Illumina, PacBio…).
Depuis 2008, GenoScreen propose une gamme complète de services de séquençage nouvelle génération (next-generation sequencing, NGS) pour les génomes, métagénomes et transcriptomes.
GenoScreen dispose d’un plateau technologique de pointe et vous propose d’accéder aux dernières technologies (Illumina, PacBio…).
L’offre GenoScreen
- Séquençage de génomes complets (WGS)
Les nouvelles technologies de séquençage disponibles chez GenoScreen offrent l’opportunité d’analyser l’intégralité de la structure primaire du génome d’un organisme isolé qu’il soit eucaryote, procaryote ou viral. L’analyse des données obtenues permet de caractériser et décrire précisément tout type d’organisme et répond ainsi à une très large diversité de problématiques de recherche. - Métagénomique
Les approches moléculaires de métagénomique permettent d’analyser une communauté d’organismes dans sa globalité et d’étudier une niche écologique complexe de façon exhaustive : une approche puissante et innovante, pour caractériser les gènes et donc les fonctions biologiques qui existent dans le milieu et portées par ces microbiomes. - Séquençage ciblé
Le séquençage ciblé permet l’analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d’échantillons en parallèle.
Grâce au séquençage NGS sur les plateformes MiSeq®, NextSeq500® ou Hiseq®, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d’un génome entier. - Transcriptomique
Le séquençage haut débit du transcriptome (RNA-seq) a révolutionné les analyses quantitatives et qualitatives des organismes procaryotes et eucaryotes. Il permet notamment de réaliser des analyses d’expression différentielle. - Ready to load
Pour gagner en coût et en réactivité, GenoScreen propose des services de séquençage “Ready to Load”, pour une large gamme de librairies : un véritable accélérateur de recherche et l’occasion de profiter d’un plateau technique de dernière génération et d’une expertise de pointe à des conditions très avantageuses.
Les avantages GenoScreen
- Une gamme complète de services NGS
- Expertise et conseil pour le design de chaque analyse
- Expertise unique en microbiologie
- Données de très haute qualité
- Outils exclusifs d’analyse bioinformatique : assemblage, annotations, détection de SNP, etc.
- Délais de livraison courts et garantis
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Le séquençage Sanger est une solution éprouvée d’analyse à bas débit, adaptée aux fragments de toutes tailles, pour une lecture comprise entre 100 et 1200 pb.
Les services de séquençage Sanger GenoScreen s’adaptent à tous types de projets : ampleurs, délais et fréquences de réalisation.
L’offre GenoScreen
Flexibles et disponibles, les équipes réalisent le séquençage depuis la préparation de vos échantillons jusqu'à l'analyse de vos données.
La gamme Premium
Profitez de toute l’expertise de nos équipes !
Les offres Premium correspondent à une analyse complète et personnalisée des échantillons :
- Adaptation du protocole aux séquences riches en GC
- Fourniture d’amorces universelles
- Lecture des séquences jusqu’à 1200 pb
- Envoi des résultats sous 24 heures
La gamme Premium vous donne accès à notre hotline : un soutien scientifique expert pour l’analyse des profils de séquence.
| One-Shot | One-Shot Plus | Optimized | |
| Résultats en 24 à 48h après réception | x | x | x |
| Support technique par email et/ou téléphone | x | x | x |
Formats d'échantillons acceptés:
|
x | x | x |
| Purification d'échantillons gratuite (sur demande) | x | x | x |
| Lecture jusqu'à 1200 pb | x | x | x |
| Relecture des séquences et corrections avec annotations IUPAC | Semi-automatisée | Manuelle | |
| Livrables | .seq / .ab1 | .seq / .ab1 | .seq / .ab1 Rapport QC (Quality control) commenté pour chaque séquence |
| Retraitement avec protocole optimisé (sur demande) | x | ||
| Rapport mensuel d'activité (incluant les crédits restants) | x | x | x |
La gamme économique
Toute la qualité et la réactivité GenoScreen à prix serrés !
| Mix & Run | Run Only |
|---|---|
| Mélange ADN et primers réalisés par vos soins (à fournir en plaque) |
|
| Réaction de séquençage (BigDye® Terminator) | Réactions de séquençage réalisées par vos soins (à fournir en plaque) |
| Purification des réactions de séquençage | Purification des réactions de séquençage |
| Migration par électrophorèse capillaire sur ABI 3730 xl | Migration par électrophorèse capillaire sur ABI 3730 xl |
Les analyses complémentaires
Pour aller plus loin, GenoScreen propose de nombreuses services complémentaires au séquençage :
- Extraction d’ADN plasmidique à partir de culture bactérienne
- Extraction de BACs et cosmides
- Purification de produits PCR par découpe sur gel
- Synthèse d’amorce
- Analyse des résultats selon la codification IUPAC
Les avantages GenoScreen
- Offre de séquençage souple, qui s’adapte à vos besoins
- Suivi personnalisé de vos projets
- Système de commande simple
- Facturation mensuelle ou compte prépayé.
- Transport gratuit de vos échantillons par un opérateur agréé par GenoScreen
- Protection optimisée des échantillons en Genobox
Documentation
Séquençage avec purification
Les approches moléculaires de métagénomique permettent d’analyser une communauté d’organismes dans sa globalité et d’étudier une niche écologique complexe de façon exhaustive : une approche puissante et innovante, pour caractériser les gènes et donc les fonctions biologiques qui existent dans le milieu et portées par ces microbiomes.
Au contraire de l’approche dite ciblée ou de profilage, qui interroge une région courte et spécifique de gènes ribosomaux, la métagénomique globale est basée sur le séquençage total de l’ADN extrait d’un échantillon par approche dite de shotgun.
La métagénomique requiert une grande couverture de séquençage par échantillon, ce qui limite l’étude de grandes cohortes. Mais elle apporte des résultats précieux en complément d’études de profilage sur un sous-groupe représentatif.
La métagénomique offre de nombreux avantages :
- Suppression des biais induits par des approches PCR
- Analyse et séquençage direct de microorganismes sans étapes de culture
- Accès aux capacités fonctionnelles d’un écosystème complet
Les applications
La métagénomique permet d’analyser exhaustivement la composition taxonomique d’une communauté d’organismes. Elle apporte des informations précises sur sa diversité ainsi que sur ses spécificités génétiques.
Grâce à cet accès direct au patrimoine génétique des communautés microbiennes, la métagénomique permet d’identifier également de nouvelles enzymes ou biocatalyseurs, pour des applications pharmaceutiques, agricoles, industrielles ou environnementales.
Métagénomique et santé humaine
La métagénomique est très adaptée aux problématiques de diagnostic, d’évaluation de l’antibiorésistance, de détection des virus, etc.
Elle apporte des solutions précises en cancérologie, gastro-entérologie, dermatologie, urologie ou pneumologie.
Métagénomique et environnement
Grâce à une analyse très fine des communautés microbiennes présentes dans l’environnement naturel, la métagénomique peut être mobilisée pour l’analyse de la qualité de l’eau, le développement de biocarburants, de produits agrochimiques, la remédiation des sols ou la mise au point de nouvelles pratiques de culture ou d’élevage.
L’offre GenoScreen
GenoScreen a développé des méthodologies d’analyse métagénomique standardisées répondant aux divers contextes de vos projets. Avec ces approches de basse, moyenne et haute couverture de séquençage, associées à des préparations de librairie avec ou sans étape de PCR, nous vous proposons la solution qui répondra à vos contraintes.
GenoScreen vous garantit la qualité des données produites et une analyse fine des résultats avec son logiciel WHORMSS®.
Les avantages GenoScreen
- Équipe scientifique experte dédiée à votre projet
- Assistance à l’élaboration du plan expérimental et de la stratégie de séquençage
- Une capacité massive de séquençage de métagénomes complets
- Des outils d’analyse bioinformatique exclusifs
- Une expertise scientifique de pointe pour l’exploitation des données, notamment en microbiologie
Le séquençage ciblé permet l’analyse spécifique de gènes ciblés ou de régions de gènes sur un grand nombre d’échantillons en parallèle.
Grâce au séquençage NGS sur les plateformes MiSeq®, NextSeq500® ou Hiseq®, de multiples gènes peuvent être évalués avec un volume de données plus limité, plus facile à gérer et à analyser que le séquençage d’un génome entier.
Les applications
Le séquençage ou reséquençage ciblé permet d’atteindre des objectifs très spécifiques :
- Ciblage de régions génomiques d'intérêt
- Couverture complète de régions codantes avec un volume limité de données d’analyse génomique
- Analyse des gènes microbiens
L’offre GenoScreen
Séquençage d’amplicons
Des régions cibles sont amplifiées par PCR à partir d’amorces spécifiques initialement définies. Les amplicons obtenus sont ensuite séquencés par NGS après ajout des adaptateurs de séquençage. Les approches de multiplexage permettent de séquencer en parallèle plusieurs amplicons issus de différents échantillons.
La solution Metabiote
Metabiote® est une solution innovante, optimisée et standardisée, développée par GenoScreen et dédiée à l’analyse métagénomique ciblée de communautés microbiennes. Elle comprend :
- Une méthodologie de préparation des librairies limitant les biais entre échantillons
- Des cibles diversifiées
• Cibles bactériennes : ADNr 16S
• Cibles fongiques : ADNr 18S, ITS1 et/ou ITS2 - Un pipeline bioinformatique d'analyse des données, optimisé et automatisé, pour une meilleure précision de vos analyses et pour faciliter les comparaisons et les analyses statistiques.
Séquençage d’exomes
Ce séquençage est essentiellement utilisé pour :
- La recherche de mutations sur des gènes impliqués dans des voies de régulation
- La recherche de mutations (SNP, Indels) associées à une maladie (cancer, facteur de coagulation...)
Le protocole utilisé pour le séquençage d’exomes est le Système NimbleGen SeqCap EZ (Roche).
Séquençage personnalisé
À partir d’un design à façon de sondes, vos régions d’intérêt sont enrichies avant séquençage afin de simplifier l’analyse des données. Ce protocole peut être mis en oeuvre pour tout type d’organisme dont le génome est référencé dans les bases de données.
L’avantage GenoScreen
- Équipe scientifique dédiée par projet.
- Assistance complète à l’élaboration du plan expérimental et au montage du projet
- Assistance à la prise en main des données et à l’interprétation des résultats
Pour gagner en coût et en réactivité, GenSscreen propose des services de séquençage “Ready to Load”, pour une large gamme de librairies : un véritable accélérateur de recherche et l’occasion de profiter d’un plateau technique de dernière génération et d’une expertise de pointe à des conditions très avantageuses.
Les avantages du "Ready-to-load"
L’offre “Ready to Load” est disponible pour la quasi-totalité des services de séquençage GenoScreen :
- Séquençage de novo ou Re-séquençage
- RNA-Seq
- Séquençage ciblé
- Métagénomique
Le séquençage “Ready to Load” par GenoScreen
Les séquençages "Ready to Load" sont réalisés sur un plateau technologique de dernière génération : Illumina HiSeq®2500, MiSeq®, NextSeq®500 et HiSeq®4000 en paired-end ou single-read de 50pb à 250pb.
GenoScreen prend en charge le contrôle qualité des librairies : bioAnalyzer et dosage fluorimétrique. Le pool des librairies peut être effectué par GenoScreen.
Différents types de librairies sont acceptés :
- TruSeq
- Nextera -(XT)
- Amplicons
- RADseq ou ddRADseq avec index et adaptateurs Illumina
Pour les autres types de librairies, Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser..
Les résultats possibles avce notre solution "Ready-to-load"
- Séquences brutes (fichiers FastQ) et résultats de contrôle de qualité après démultiplexage.
- Rapports de qualité, y compris le nombre de reads obtenus, le nombre de reads après application des filtres de qualité et la couverture obtenue.
- Transferts des résultats par serveur FTP sécurisé ou disque dur externe
Les avantages GenoScreen
- Un plateau technologique de pointe
- Une prestation haut-de-gamme au meilleur prix
- Une forte réactivité
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