Génotypage

MLST/ MLVA, solutions de typage/traçage microbien

GenoScreen vous propose de caractériser plus précisément vos microorganismes (caractérisation de la sous-espèce ou de la souche) à l’aide de méthodes de biologie moléculaire standardisées et validées de type MLST ou MLVA (dont MIRU-VNTR)

MultiLocus Sequencing Typing (MLST)

Le typage par séquençage MLST (MultiLocus Sequencing Typing) est la technique de référence pour discriminer différentes souches. Cette méthode est basée sur le séquençage de « gènes de ménage » (house-keeping genes) codant pour des protéines essentielles de la bactérie. Ces séquences ont la particularité de présenter un polymorphisme stable dans le temps et suffisant pour distinguer des souches entre elles.

Cette méthode permet la caractérisation d’un microorganisme dont le genre (ou l’espèce) est connue, pour identifier l’espèce (ou la sous-espèce) grâce au séquençage de 7 gènes de ménage.

Le MLST par GenoScreen

L’offre de service MLST de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, le séquençage sur séquenceur capillaire, l’analyse des séquences et l’assignation de la souche.

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Multiple Loci VNTR Analysis (MLVA)

Le MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) est une méthode d’analyse génétique du polymorphisme des motifs VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) basée sur leur dénombrement. Lors d’une première étape, chaque locus VNTR ciblé est amplifié par PCR avec des amorces spécifiques des régions flanquantes. Les fragments obtenus sont ensuite séparés en fonction de leur taille par électrophorèse sur séquenceur capillaire. Le génotypage de chaque locus et la compilation des résultats obtenus pour chaque échantillon permet d’assigner à la souche un code numérique spécifique à une sous-espèce.  

La méthode MLVA permet la caractérisation d’un microorganisme dont l’espèce est connue, pour identifier, a minima, la sous-espèce grâce au typage d’allèles et comparaison aux banques de données MLVA. Cette méthode ne nécessite pas d’étape de séquençage ADN et est plus discriminante que la méthode MLST. Elle permet ainsi de différencier des sous-espèces proches (espèces clonales).

Le MLVA par GenoScreen

L’offre de service MLVA de GenoScreen est une offre complète réalisée à partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Elle intègre la réalisation des PCRs, l’électrophorèse sur séquenceur capillaire, l’analyse des données obtenues et l’assignation de la souche.

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L'analyse peut être réalisée sur la base d’un schéma de typage personnalisé selon vos besoins, en lien avec les données disponibles pour votre espèce.

Identification de microorganismes isolés

GenosScreen vous offre un service rapide d’identification de vos microorganismes par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales.

Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à votre micro-organisme. En complément, d’autres cibles génomiques (rpoB, gyrB, …) peuvent être utilisées pour affiner cette identification et l’adapter à votre demande (par exemple, discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique).

GenoScreen propose également le séquençage de génome complet (WGS) pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes.

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Génotypage de SNP

L’offre GenoScreen

GenoScreen propose des analyses pouvant porter sur le génome entier, afin de repérer des associations inconnues génotype-phénotype ou sur des variations génétiques déjà connues.

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, GenoScreen développe des approches complémentaires et adaptés à chaque objectif (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER) :

• NGS, pour les études pan-génome, (étude de populations ou d’associations, sélection génomique)
• Fluidigm Biomark, NGS et microarrays pour les génotypages d’un gène (régions candidates)
• PCR en temps réel, séquençage Sanger pour l’analyse des SNP individuels spécifiques (pharmacogénétique, diagnostics)

Dans le cas de découverte de nouveaux SNP, GenoScreen propose des approches RAD-Seq. Cette technologie réduit la complexité des analyses et interroger une fraction (0,1 à 10%) d'un génome sélectionné pour découvrir de nouveaux marqueurs génétiques et/ou génotypiques.

L'analyse des données de séquences haut débit permettent d'identifier une grande quantité de variants génétiques (comme les SNPs).

Génotypage des microsatellites

Ce type de génotypage s’appuie sur le polymorphisme des microsatellites présents dans le génome.

L’offre GenoScreen

Barcoding moléculaire

Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène du génome mitochondrial (COI, 16S…).

Les applications

Cette application permet de classer des individus d’espèces inconnues ou d’identifier un échantillon par comparaison à une base de données.

Le barcoding permet notamment :

• D’analyser des échantillons
• D’identifier des espèces végétales ou animales (taxonomie)
• D’analyser et de comparer la biodiversité dans des échantillons complexes (metabarcoding)

L’offre GenoScreen

GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire :

• Extraction à partir de nombreuses matrices conservées dans l’éthanol, le propylène, le glycol…
• Amplification d’une région de génome mitochondrial ou chloroplastique adaptée à l’espèce étudiée (COI, 16S, Cytb, rbcL, matk)
• Séquençage
• Assemblage des séquences obtenues et alignement sur une séquence de référence ou sur la base de données NCBI

Dans le cas d’échantillons purs et uniques GenoScreen propose aussi un service de séquençage avec la technologie SANGER.

Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.

Identification et génotypage

L’identification et le génotypage sont essentiels à la découverte de variations génétiques, notamment dans le cadre de l’étude des populations et des pathologies.

Ces analyses sont précieuses dans de nombreuses problématiques scientifiques :

• Traçabilité alimentaire
• Recherche et validation de biomarqueurs (dépistage et diagnostics, génomique fonctionnelle, modèles de prédiction du trait)
• Étude de la diversité génétique et l'évolution (phylogénie, etc.)
• Identification d'individus (criminels, corps) ou de liens entre individus (test de paternité).
• Sélection génomique (agriculture, élevage)

Génotypage

Vous cherchez à déterminer l’identité d’une variation génétique à une position spécifique ou sur l’ensemble d’un génome, pour un individu ou pour toute une population, GenoScreen vous accompagne et s’engage à trouver avec vous la meilleure solution pour mener à bien votre projet.

Le génotypage Microsatellites SSR (simple sequence repeats)

Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités répétées de 1 à 4 nucléotides appelées microsatellites. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines. On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple Sequence Repeats). L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme. Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition, constituant le microsatellite.

Le génotypage de SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)

Cette technique repose sur la variation d’une seule paire de nucléotide à une position donnée. Les SNP sont des outils permettant d'identifier des génotypes (reconnaître des personnes, par exemple), à partir d'échantillons de matière organique, ou permettant de contribuer à la construction d'arbres généalogiques d'êtres vivants ou d'espèces.

Selon le nombre de SNP étudié et le nombre d’échantillons, nous pouvons vous proposer plusieurs approches (Taqman/KASPar, Fluidigm, SANGER)