Qualité microbiologique des sols

La génomique permet le développement d’une nouvelle agriculture, une approche plus holistique qui se penche sur les interactions entres les plantes et les microorganismes.
Elle permet, notamment, de mettre en évidence des interactions que peuvent avoir les bactéries, levures et champignons du sol avec les différentes cultures, qu’elles soient annuelles ou pérennes.
GenoScreen a développé son expertise en la matière, en participant, en position de pionnier, à des projets nationaux BIMM-SOL ou GenoSol, portant sur la qualité microbiologique des sols.

L’offre GenoScreen pour le diagnostic de la composante microbiologique des sols

GenoScreen vous aide à identifier la composition microbiologique des sols, à en révéler les propriétés et à agir sur celles-ci, au travers d’apports d’intrants ou en modifiant vos pratiques culturales. Parmi nos prestations et solutions :

• L'étude de la composante microbiologie des sols : taxonomie des microorganismes présents et mesure de la balance fongiques/bactériens
• L'identification et la caractérisation des biointrants (biostimulants et biopesticides) et l’étude de leurs impacts sur la qualité microbiologique des sols
• L'étude de la composition microbiologique des sols à différents temps et sous différentes conditions (cultures, labours, intrants, climats …)
• L'accompagnement de travaux de recherche portant, notamment, sur le développement de nouveaux intrants

Techniques et méthodes d’étude des sols

Nos analyses se basent sur les dernières technologies de séquençage (Illumina, PacBio et ONT) et font appel à une large palette d’outils d’analyse moléculaire et bioinformatique :

• Le NGS : Etudes des génomes avec les dernières technologies de séquençage
• Le métabarcoding moléculaire : Etude taxonomique de populations microbiennes
• La métatranscriptomique : Analyse de l'ensemble des gènes des microorganismes présents dans un échantillon et de leurs fonctions (Le transcriptome)
• La métagénomique ou génomique environnementale : Etude du contenu génétique d'échantillons présents dans un écosystème
• La qPCR : Quantification de microorganismes d’intérêt présents dans un échantillon

Ces analyses et les conclusions et solutions qu’elles permettent, nécessitent de pouvoir interroger des référentiels de données génomiques caractérisées. Ces données référentes se trouvent dans des bases de données, plus ou moins spécialisées et plus ou moins documentées. A cet égard, notre société dispose des clés d’entrée dans les meilleures bases et du savoir-faire requis pour en tirer le meilleur parti.

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Génomique et dermocosmétique

La génomique, et surtout la métagénomique, constituent la méthode la plus pointue pour étudier l'interaction entre la peau et son microbiote, et analyser l'ensemble des communautés de micro-organismes présentes sur l'épiderme. Les progrès de la science nous permettent d'explorer les gènes et les interactions moléculaires qui influencent la santé et l'apparence de notre peau. Explorez les solutions génomiques qui transforment la façon dont nous comprenons et traitons les besoins dermatologiques, ouvrant la voie à de nouvelles innovations pour les soins de beauté et à de solides atouts pour le développement de nouveaux produits.

Applications de la génomique aux soins de la peau

La génomique est source d'innovation et d'apports technologiques dans le secteur des cosmétiques et des soins de la peau :

Microbiome

• Etude d’impact de produits dermocosmétiques ou d’ingrédients actifs sur le microbiome de la peau
• Etudes cliniques en dermatologie pour mesurer les effets de traitement sur les pathologies cutanées
• Analyse des dysbioses de flores microbiennes d’intérêt
• Caractérisation génomique de souches virulentes de certaines espèces bactériennes ou fongiques 

Valeur ajoutée scientifique

• Validation des allégation, tests d’objectivation d’actifs et apport de données scientifiques robustes pour le développement de nouveaux produits dermo-cosmétiques, formulations, ingrédients actifs
• Evaluation d’ingrédients prébiotiques, probiotiques et post-biotiques pour déterminer leur efficacité
• Test de produits nutricosmétiques ou cosméceutiques à travers l’axe gut-skin (axe intestin-peau)

Industrie

• Optimisation des procédés de production pour la fabrication d’ingrédients dermocosmétiques (biotechnologies et fermentation)
• Contrôle qualité : veille sanitaire et microbiologique, détection de contaminants dans les process de production cosmétique.

Nos solutions d’analyse pour la dermocosmetique

Véritable partenaire scientifique, GenoScreen fournit au secteur de la beauté et des soins de la peau des solutions sur mesure et des outils performants qui accompagnent l'innovation :

Microbiote de la peau

• GenoBiome Skin, notre offre intégrale pour l’analyse des communautés de microorganismes de la peau
• Test « microbiome friendly » attestant de l’innocuité d’un produit sur la flore cutanée
• Solutions Métagénomiques grâce à plusieurs technologies adaptables pour la conception de votre projet : métagénomique ciblée 16S (bactéries), 18S/ITS (fongiques) en short read et long read, métagénomique shotgun à partir d’écouvillonnages cutanés (swabs).

Solutions souches-spécifiques

• Outils génomiques pour l'identification, le séquençage, l'annotation et la comparaison des génomes microbiens.
• Génotypage des souches d'intérêt (détection de la virulence)
• Expression différentielle de gènes bactériens ou fongiques selon différentes conditions (avec ou sans application d’un actif, par exemple), grâce à la Transcriptomique (RNA-Seq)
• Quantification de souches de microorganismes par approche qPCR

Expertise et savoir-faire

• Bioinformatique : pipelines développés par GenoScreen spécifiques au microbiote cutané, rapports de bioinformatique interactifs au contenu clair et accessible
• Accompagnement par nos experts : de la conception du protocole expérimental à la restitution des résultats et à leur interprétation, notre équipe de microbiologistes s’attachent à fournir des réponses précises à vos questions biologiques
• Preuves scientifiques d’allégations cosmétiques pour répondre aux exigences de la réglementation

L’engagement de GenoScreen : Offrir une expérience client exceptionnelle pour vos besoins en séquençage

Exemples de l'implication de GenoScreen dans divers projets de R&D en dermocosmétique :

Callejon, S., Giraud, F., Larue, F., Buisson, A., Matéos, L., Grare, L., Guyoux, A., Perrier, E., Ardiet, N., & Trompezinski, S. (2020). Respect of Skin Microbiome with Different Types of LeavE-on Skincare Products, an Ecobiological Approach. Preprints. https://doi.org/10.20944/preprints202005.0500.v1

Bianchi, P., Theunis, J., Casas, C., Villeneuve, C., Patrizi, A., Phulpin, C., Bacquey, A., Redoulès, D., Mengeaud, V., & Schmitt, A. M. (2016). Effects of a New Emollient-Based Treatment on Skin Microflora Balance and Barrier Function in Children with Mild Atopic Dermatitis. Pediatric dermatology, 33(2), 165–171. https://doi.org/10.1111/pde.12786

Blanchet-Réthoré S, Bourdès V, Mercenier A, Haddar CH, Verhoeven PO, Andres P. Effect of a lotion containing the heat-treated probiotic strain Lactobacillus johnsonii NCC 533 on Staphylococcus aureus colonization in atopic dermatitis. Clin Cosmet Investig Dermatol. 2017;10:249-257. https://doi.org/10.2147/CCID.S135529

Hilaire, P., Landemaine, L., Contreras, S., Blanquart-Goudezeune, H., Siguier, P., Cornet, F., Chiapello, H., Loux, V., Clavaud, C., & Morand, S. C. (2021). Complete Genome Sequence of Staphylococcus epidermidis PH1-28, Isolated from the Forehead of a Hyperseborrheic Donor. Microbiology resource announcements, 10(9), e00165-21. https://doi.org/10.1128/MRA.00165-21

Landemaine, L., Da Costa, G., Fissier, E., Francis, C., Morand, S., Verbeke, J., Michel, M. L., Briandet, R., Sokol, H., Gueniche, A., Bernard, D., Chatel, J. M., Aguilar, L., Langella, P., Clavaud, C., & Richard, M. L. (2023). Staphylococcus epidermidis isolates from atopic or healthy skin have opposite effect on skin cells: potential implication of the AHR pathway modulation. Frontiers in immunology, 14, 1098160. https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1098160

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GenoScreen apporte aux acteurs des biotechnologies des services génomiques de répondent aux besoins des équipes de recherches.

Accès à une plateforme génomique de pointe

Pour les jeunes entreprises, GenoScreen garantit aussi un accès à une plateforme technologique de pointe, conçue pour la recherche et l’innovation en génomique.

Equipée pour répondre aux besoins d'acteurs exigeants tels que de la pharmacie et l'agroalimentaire, cette plateforme est organisée pour assurer une qualité irréprochable des résultats.

Nos services couvrent la totalité des besoins en analyse génomique et métagénomique :

• Séquençage Sanger et NGS
• Séquençage ciblé
• Génotypage
• Métagénomique
• Métatranscriptomique

Un partenaire d’innovation

Spécialistes de l’innovation, les équipes GenoScreen peuvent aussi intervenir sur des projets collaboratifs plus poussés et apporter une expérience précieuse à vos efforts de recherche. Notre organisation assure la confidentialité de vos projets et le respect de vos droits de propriété intellectuelle.

GenoScreen travaille depuis sa création avec de nombreuses équipes de recherche académiques, en partenariat avec des centres de recherche ou de soins publics.

L’expertise et l’expérience de nos équipes répond aux exigences de qualité et à la complexité des projets.

Ce travail aux côtés des équipes académiques s’est largement développé avec la participation de GenoScreen à de nombreux projets de recherche publique ou publique-privée au niveau international.

GenoScreen apporte à ces acteurs une plateforme technologique de très haut niveau permettant d'effectuer les analyses les plus complexes tout en proposant un accompagnement de qualité. Au-delà de ces critères, GenoScreen peut répondre efficacement aux problématiques de délais grâce à sa flexibilité et l'efficience de son personnel.

Augmenter la production agricole, améliorer la valeur et les qualités nutritives des aliments, assurer leur sécurité, réduire l’impact sur l’environnement : les marchés de l’agriculture et de l’agroalimentaire relèvent des défis technologiques majeurs, au niveau mondial.

Capable de décrypter précisément les phénomènes du vivant, la génomique permet d’analyser et de comprendre de très nombreux processus liés à la production agroalimentaire : qualité et quantité des productions, évolution génétique des espèces,  qualité des sols pour les cultures et de l’alimentation pour le bétail, sécurité des aliments… 

Les applications

La génomique apporte aujourd’hui des réponses innovantes et pertinentes aux problématiques de ce marché :

• Développer la résistance des cultures aux maladies, parasites, conditions météorologiques extrêmes, etc.
• Améliorer les qualités nutritives des récoltes
• Limiter les impacts sur la santé des biopesticides
• Améliorer la digestibilité des produits alimentaires animaux
• Créer des outils de traçabilité des aliments, des cultures et des animaux d’élevage

L’offre GenoScreen

GenoScreen a développé des services de génomique et bioinformatique qui répondent aux besoins des secteurs de l’élevage, de la nutrition et de l’agroalimentaire :

• Caractérisation et suivi des communautés microbiennes de produits fermentés (Yaourt, vin, fromages…)
• Identification, caractérisation, détection et quantification sur produits finis de probiotiques
• Suivi de la qualité des sols en particulier de la rhizosphère (rhyzobium)
• Évaluation de l’impact sur le rendement de production des plantes
• Détermination de l’impact d’un produit alimentaire sur le microbiote intestinal

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« Nous sommes accompagnés par GenoScreen depuis 2019 dans la réalisation de nos projets, avec réactivité, disponibilité et transparence dans les échanges. Les réponses et solutions sont apportées lorsque nous sollicitons leur expertise »

François POUL

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« Mes interactions avec GenoScreen sont agréables et basées sur la confiance. Le travail réalisé est de bonne qualité et mes interlocuteurs recherchent des solutions adaptées si nous rencontrons un problème »

Manuel Blouin

La génomique apporte de nouvelles solutions de compréhension, de caractérisation et de protection de l’environnement : biodiversité, évolution génétique…
Elle permet notamment de comprendre les interactions que les microorganismes, les animaux et les plantes tissent avec leur environnement.

Les applications

Ces analyses permettent la mise au point de nouvelles solutions environnementales, qui préservent la rentabilité des entreprises et la pérennité des ressources naturelles :

• Concevoir des outils microbiologiques de gestion, suivi et remédiation de sites pollués
• Développer des méthodes de contrôles ou traitements biologiques plus efficaces et plus écologiques
• Prédire l'apparition des infestations et la dispersion des insectes
• Contrôler l’impact d’aménagements territoriaux, constructions sur la biodiversité
• Surveiller, valoriser et conserver la diversité génétique naturelle des espèces

L’offre GenoScreen

GenoScreen a développé des solutions spécifiques aux études environnementales :

• GenoSNP^®, identification et génotypage de polymorphismes (variants génétiques de type SNP)
• Étude de la biologie des populations (GenoSat^®)
• Étude de l’écologie des communautés microbiennes (MetaBiote^®/WHORMSS^®)
• Quantification et Suivi de gènes/espèces spécifiques

La génomique est une technologie devenue aujourd’hui indispensable aux équipes de recherche en santé humaine. Dans ce cadre, GenoScreen est un partenaire de choix, dont la qualité des analyses, les compétences en métagénomique et l’expertise en microbiologie sont précieuses.

Infectiologie

GenoScreen développe une panoplie complète de services génomiques adaptés à l’étude des agents infectieux bactériens, de leur caractérisation génomique (structure, gènes de virulence, d’antibiorésistance…) :

• Traçage et évolution des micro-organismes pathogènes (mutations, expression génique)
• Analyse des interactions hôte-pathogène

L’expertise de nos équipes dans la microbiologie s’est illustrée avec la mise au point de plusieurs solutions innovantes dans ce secteur, comme la caractérisation et le traçage des souches de tuberculose (Mycobacterium tuberculosis - Solution MIRU-VNTR) et de leur antibiorésistance (Solution Deeplex-TB^®).

Métagénomique

La métagénomique s’est notamment intéressée à l’étude du microbiote intestinal, dont le rôle sur la santé humaine est multiple. Ces analyses ouvrent de nouvelles voies diagnostiques et thérapeutiques dans le traitement de l’obésité, du diabète, des Maladies Inflammatoires Chroniques de l'Intestin, etc.

Les solutions Metabiote^® et WHORMSS^® développées par GenoScreen apporte une réponse globale et prête à l’emploi pour tous les besoins d’études métagénomiques.

Médecine personnalisée et biomarqueurs

Les services génomiques de GenoScreen peuvent être employés à la découverte de biomarqueurs, dans une stratégie de mise au point de diagnostics et de protocoles de soins personnalisés :

• Identification et analyse de biomarqueurs moléculaires impliqués dans des mécanismes d’action d’intérêt
• Mise au point de stratégies thérapeutiques ciblées
• Développement de profils génomiques pour la mise en place de traitements personnalisés

Oncologie

La recherche en oncologie peut mobiliser les services de séquençage de génomes entiers et d’exomes, pour caractériser les mutations spécifiques ou pour identifier précisément certains biomarqueurs.

L’analyse génomique peut aussi intervenir dans le cadre d’essais cliniques.