Accueil > Services de génomique > Bioinformatique

Bioinformatique

Offre à la une: Assemblage rapide de génomes 454 et Hiseq 2000, dès 150 € / génome en 48h*


  • Assemblage de génomes bactériens
  • Assemblage de toutes données 454 et Hiseq
  • Assemblage de tous génomes

A partir de données .fna et .qual pour 454, et de données .fastQ et .fastA pour Hiseq.* Prix unitaire hors taxes. Offre valable pour un maximum de 10 génomes bactériens séquencés sur 454.


Notre offre:

  • Alignement
  • Comparaison
  • Interprétation: longueur des zones chevauchantes, couverture de la référence en % d'homologie, nombre de contigs, nombre de scaffolds (paired-end)
  • Envoi du rapport d'interprétation et des résultats d'alignement sur serveur ftp

Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.


La bioinformatique chez Genoscreen

Génomes, métagénomes et transcriptomes

Chez Genoscreen, afin de répondre aux besoins grandissants et toujours en évolution, nous avons développé un service complet de bioinformatique pour proposer des analyses de séquences sur des données issues de technologies classiques, comme de technologies de haut débit. 

Conscient de l’importance pour les chercheurs de comprendre et d’appréhender eux mêmes leurs analyses, nous avons depuis deux ans mis en place des formations de bioinformatique permettant aux biologistes et médecins de comprendre les méthodes d’analyses et pour acquérir un niveau de compétences déterminant pour analyser vous-même vos données biologiques : Genoscreen est un organisme de formation enregistré (DRTEFP Lille, France), toutes nos formations sont éligibles au titre du DIF et de la formation professionnelle.

Associé à ces formations dispensées chez le client nous offrons depuis peu un troisième volet de prestations bioinformatique, des outils informatiques et du développement d’outils à façon adaptés aux analyses : Mini, Midi et Maxi Code, et packs prêts à l’emploi : manipulation de séquences en FASTA, sélection de séquences dans un fichier et BLAST.

Cette adresse email est protégée contre les robots des spammeurs, vous devez activer Javascript pour la voir.

Catalogue - Version française
Catalogue - English version

La bioinformatique est constituée par l'ensemble des concepts et des techniques nécessaires à l'interprétation informatique de l'information biologique. Plusieurs champs d'application ou sous-disciplines de la bioinformatique se sont constitués dont notre spécialité :

  • La bioinformatique des séquences, qui traite de l'analyse de données issues de l'information génétique contenue dans la séquence de l'ADN ou dans celle des protéines qu'il code. Cette branche s'intéresse en particulier à l'identification des ressemblances entre les séquences, à l'identification des gènes ou de régions biologiquement pertinentes dans l'ADN ou dans les protéines, en se basant sur l'enchaînement ou séquence de leurs composants élémentaires (nucléotides, acides aminés).

En parallèle nous avons également développé une expertise en  bioinformatique statistique et bioinformatique des populations.

Focus : L'analyse de séquences

Depuis l'invention du séquençage de l'ADN par Frederick Sanger dans la deuxième moitié des années 70, les progrès technologiques dans ce domaine ont été tels que le volume des séquences d'ADN disponibles a progressé de manière exponentielle, avec un temps de doublement de l'ordre de 15 à 18 mois, c'est à dire un peu plus rapidement que la puissance des processeurs des ordinateurs (Loi de Moore).

Un nombre exponentiellement croissant de séquences de génomes ou d'ADN complémentaires sont disponibles, dont l'annotation (ou interprétation de leur fonction biologique) reste à effectuer.
La première difficulté consiste à organiser cette énorme masse d'information et de la rendre disponible à l'ensemble de la communauté des chercheurs. Cela a été rendu possible grâce à différentes bases de données, accessibles en lignes.

Il faut ensuite développer des outils d'analyse de séquences afin de pouvoir déterminer leurs propriétés.

  • Recherche de protéines à partir de la traduction de séquences nucléiques connues. Celle-ci passe par la détermination des phases ouvertes de lecture d'une séquence nucléique et de sa ou ses traduction(s) probables.
  • Recherche de séquences dans une banque de données à partir d'une autre séquence ou d'un fragment de séquence. Les logiciels les plus fréquemment utilisés sont de la famille BLAST (blast, blastp, blastx, tblastx et leurs dérivés).
  • Alignement de séquences : pour trouver les ressemblances entre deux séquences et déterminer leurs éventuelles homologies. Les alignements sont à la base de la construction de parentés suivant des critères moléculaires, ou encore de la reconnaissance de motifs particuliers dans une protéine à partir de la séquence de celle-ci.
  • Recherche de motifs ou structures consensus pour caractériser les séquences.

La bioinformatique intervient aussi dans le séquençage, avec par exemple l'utilisation de puces à ADN ou biopuce. Le principe d'une telle puce repose sur la particularité de reformer spontanément la double hélice de l’acide désoxyribonucléique face au brin complémentaire. Les quatre molécules de base de l'ADN ont en effet la particularité de s'unir deux à deux. Si un patient est porteur d'une maladie, les brins extraits de l'ADN d'un patient, vont hybrider avec les brins d'ADN synthétiques représentatifs de la condition analysée par exemple la maladie.

Aujourd’hui la bioinformatique s’affaire majoritairement dans l’analyse de données de séquençage issues du Haut débit. C’est à dire de technologie nouvelles créées afin de générer, non pas des dizaines et centaines de nucléotides à la fois mais des centaines de milliers voir des millions ou milliards. Les analyses de nouvelle génération nécessitent les même méthodologies et réflexions que les anciennes technologies néanmoins celles ci doivent être adaptées à une quantité de données de masse. Ainsi les algorithmes doivent être optimisés et surtout le matériel informatique utilisé doit être suffisamment puissant.