Les annotations génomiques visent à associer le séquençage d’un génome ou d’un transcriptome à une information biologique exploitable. À partir d’assemblages de haute qualité, GenoScreen fournit des annotations précises qui sont indispensables à la compréhension des fonctions biologiques des organismes.

Les applications

En reliant les données de séquençage et les connaissances déjà acquises sur un génome, les annotations approfondissent la connaissance d’un génome.

Le but est d’identifier les variations avec le standard puis, dans un second temps, d’en comprendre le rôle et l’influence. Les annotations donnent des indications pour comprendre les évolutions d’un organisme ou de son expression génique (pathologie, production agroalimentaire…).

L’offre GenoScreen

  • L'annotation structurale permet de rechercher et de localiser les régions codantes d’une séquence pour prédire la position des gènes (Open Read Frames - ORFs)
  • L’annotation fonctionnelle compare par alignement les séquences obtenues aux banques de données constituées de séquences déjà annotées. Elle permet de rechercher la présence de motifs spécifiques à certaines fonctions biologiques.

L’avantage GenoScreen

  • Recherche exhaustive dans les bases de référence de génomique fonctionnelle (UniProt / GeneOntology, etc.)
  • Capacité importante de calcul HPC
  • Technologies avancées de Big Data
  • Excellente connaissance de la génomique fonctionnelle microbienne
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