Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant d’identifier et de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène ubiquitaire, appartenant généralement au génome mitochondrial ou chloroplastique (COI, 16S…).
Les applications du barcoding moléculaire
Le barcoding permet notamment :
- D’identifier une espèce à partir d’un échantillon isolé
- De comparer plusieurs échantillons d’une même espèce ou d’espèces proches (phylogénie)
L’identification par le barcoding moléculaire
GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire et peut prendre en charge vos échantillons dès l’extraction d’ADN.
- Identification de microorganismes isolés
- Identification d’espèces animales ou végétales
Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.
GenoScreen vous offre un service rapide d’identification de vos microorganismes par séquençage d’ADN et comparaison aux bases de données internationales (NCBI ou autre). Pour une identification à l'espèce, les régions de l’ADN ribosomique interrogées sont adaptées à votre micro-organisme. En complément, d’autres cibles génomiques (rpoB, gyrB, panC…) peuvent être utilisées pour affiner cette identification et l’adapter à votre demande (par exemple, discrimination au sein d’un groupe d’espèces partageant la même séquence d’ADN ribosomique).
Services d'identification
bactérienne
fongique
levure
microalgue
Workflow appliqué aux microorganismes isolés
Extraction de vos échantillons
à partir de colonies isolées
Amplification PCR sur la cible génomique adaptée
16S, 18S, 28S, ITS, ...
Séquençage forward/
reverse
Nettoyage et assemblage
en consensus, puis comparaison
Assignation
Notre offre
Réalisation sur :
- Gélose (boîtes de Petri)
- Culot de culture en milieu liquide
- Carte FTA ou autre matrice
A partir d’ADN extrait ou de thermolysat. Nous réaliserons la comparaison de vos séquences nettoyée et assemblée avec la base de données internationale NCBI.
Une fois l’assignation réalisée, vous recevrez :
- Séquences brutes et chromatogrammes (.seq/.ab1)
- Séquences consesus (.txt/.FA)
- Rapport d'analyse avec pourcentages d'homologie et assignation par échantillon
Solutions complémentaires
En complément de l’identification, nous sommes également en mesure de réaliser des arbres phylogénétiques selon vos besoins (comparaison des échantillons entre eux ou au sein d’un panel de séquences de référence).
Selon votre problématique, nous pouvons également vous proposer d’autres cibles plus spécifiques d’un genre en particulier, notamment pour les espèces trop proches génétiquement sur la cible par défaut (exemple sur le genre Bacillus avec la cible panC).
GenoScreen propose également :
pour les souches dont l'espèce est connue et dont un schéma de typage est disponible
16S, 18S, 28S, ITS, ...
pour une caractérisation plus précise de vos microorganismes
