MIRU-VNTR – Solutions de typage de Mycobacterium tuberculosis

La solution de typage MIRU-VNTR de GenoScreen est utilisée par de nombreux centres de soins, CNR et équipes de recherche à travers le monde, sous forme de kits ou de prestation de service.

MIRU-VNTR, une référence mondiale

Le typage MIRU-VNTR

L’analyse MIRU-VNTR (Mycobacterial Identification Repetitiv Unit-VNTR) est un schéma d’analyse MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) spécifique à Mycobacterium tuberculosis. Il permet de génotyper la souche en dénombrant les copies de VNTR présentes dans 24 loci identifiés. Les loci VNTR ciblés sont amplifiés par PCR avec un jeu d’amorces spécifiques des régions flanquantes de chaque locus. Les fragments ainsi obtenus sont étudiés par électrophorèse capillaire. Cette méthode est la référence mondiale de typage de Mycobacterium tuberculosis, adoptée par les CDC américains et européens et les centres de référence de plus de 30 pays.

La solution MIRU-VNTR de GenoScreen est devenue la référence mondiale de la méthode MIRU-VNTR (tests réalisés par le RIVM ^{3, 4}). Elle se décline en une gamme de kits exclusifs adaptés à chaque étape de l’analyse MIRU (Calibration, validation et typage). Cette solution complète est optimisée pour produire les meilleurs résultats possible avec une approche standardisée, tout en assurant une très haute reproductibilité.

En savoir plus sur nos kits MIRU-VNTR

MIRU-VNTR Hypervariable, un schéma adapté aux souches de la lignée Beijing

Les souches de M. tuberculosis identifiées comme appartenant à la lignée dite « Beijing » ne peuvent pas être discriminées en utilisant les 24 loci standards. Les sous-lignées composant cette famille sont identifiées grâce à l’analyse MIRU d’un set de 4 loci VNTR hypervariables supplémentaires ^{1, 2}.

La solution MIRU-VNTR de GenoScreen se décline aussi en une gamme dédiée à cette analyse ciblée complémentaire. Les kits MIRU-VNTR Hypervariable (calibration, validation et typage) permettent de réaliser ce typage spécifique, tout en bénéficiant de la même qualité de résultats et de reproductibilité que notre solution MIRU-VNTR.

En savoir plus sur nos kits MIRU-VNTR Hypervariable

L’expertise de GenoScreen

Grâce à un savoir-faire technologique de pointe, GenoScreen est aujourd’hui leader mondial pour le génotypage et le traçage des souches du complexe Mycobacterium tuberculosis, agent responsable de la tuberculose.

Sous forme de kits ou de prestations de services, nos solutions s’adaptent à toutes les problématiques :

• Recherche : structure de la population des souches, évolution, comparaison des propriétés de virulence,
• Santé publique : contrôle de la tuberculose et surveillance épidémiologique,
• Essais cliniques : distinction entre rechute et infection exogène en cas d’échec de traitement,
• Gestion clinique : détection de contamination croisée, discrimination de souches proches (complexité clonale).

La gamme MIRU, une offre complète

Nous proposons des kits et des formations pour l’implémentation et l’usage de la méthode MIRU-VNTR sur séquenceurs Applied Biosystems^®.

Prestations de services

Nous réalisons aussi des analyses MIRU-VNTR standard et personnalisées sous forme de prestations de services. Nous réalisons ainsi des analyses MIRU sur 9, 12, 15 ou 24 marqueurs VNTR standards et/ou sur les 4 loci dédiés à la lignée Beijing.

Réalisée à partir de 50 ng d’ADN extrait (5 µL à 10 ng/µL) ou de 50 µL de thermolysat, notre prise en charge inclut :

• La réalisation de la/des PCRs (suivant les marqueurs),
• La migration des produits de PCR sur séquenceur capillaire,
• L’analyse des données sur GeneMapper^®_,
  
• L’assignation des lignées correspondantes à l’aide de la base de données MIRU-VNTRplus.

Nos formations

GenoScreen a développé un parcours de formation complet autour de la méthode MIRU-VNTR. De la méthodologie à l’analyse des résultats, en passant par l’utilisation des kits et la calibration des séquenceurs, ces formations vous permettront d’implémenter et/ou de réaliser facilement l’analyse MIRU-VNTR en routine dans votre laboratoire.

Parcours de formation MIRU-VNTR :

• Aspects théoriques : principe de la méthode de typage MIRU-VNTR,
• Aspects pratiques : formation à l’utilisation des kits MIRU-VNTR,
• Implémentation : formation à la calibration des séquenceurs Applied Biosystems^®_,
  
• Importation & analyse de données : formation à l’utilisation du logiciel GeneMapper^®_,
  
• Exploitation des données : formation à l’utilisation de l’outil d’analyse MIRU-VNTRplus.

Découvrez notre offre de formations.

Références

¹ Allix-Béguec C, Wahl C, Hanekom M, Nikolayevskyy V, Drobniewski F, Maeda S, Campos-Herrero I, Mokrousov I, Niemann S, Kontsevaya I, Rastogi N, Samper S, Sng LH, Warren RM, Supply P. Proposal of a consensus set of hypervariable mycobacterial interspersed repetitive-unit-variable-number tandem-repeat loci for subtyping of Mycobacterium tuberculosis Beijing isolates. J Clin Microbiol. 2014 Jan;52(1):164-72.

² Trovato A, Tafaj S, Battaglia S, Alagna R, Bardhi D, Kapisyzi P, Bala S, Haldeda M, Borroni E, Hafizi H, Cirillo DM. Implementation of a Consensus Set of Hypervariable Mycobacterial Interspersed Repetitive-Unit-Variable-Number Tandem-Repeat Loci in Mycobacterium tuberculosis. Molecular Epidemiology. J Clin Microbiol. 2016 Feb;54(2):478-82.

³ de Beer JL, Kremer K, Ködmön C, Supply P, van Soolingen D; Global Network for the Molecular Surveillance of Tuberculosis 2009. First worldwide proficiency study on variable-number tandem-repeat typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains. J Clin Microbiol., 2012 Mar;50(3):662-9

⁴ de Beer JL, Ködmön C, van Ingen J, Supply P, van Soolingen D; Global Network for Molecular Surveillance of Tuberculosis 2010. Second worldwide proficiency study on variable number of tandem repeats typing of Mycobacterium tuberculosis complex. Int J Tuberc Lung Dis., 2014 May;18(5):594-600