Transcriptomique

 Le séquençage haut débit du transcriptome (mRNA-seq) a révolutionné les analyses quantitatives et qualitatives des transcriptomes qu’ils soient procaryotes ou eucaryotes.

 

Objectifs

L’un des objectifs du séquençage de transcriptome est de réaliser des analyses d’expression différentielle en estimant l’abondance relative de transcrits et identifiant les gènes exprimés de manière différentielles parmi différents groupes (exemple : différents tissus, traitements...).

Nous conseillons d’utiliser 3 réplicats biologiques pour chaque groupe d’échantillons, pour un résultat statistique satisfaisant.

 

Applications

 

Process

Dans le cadre d’une analyse de transcriptome, 2 méthodes sont habituellement utilisées pour enrichir la fraction d’ARN d’intérêt (ARNm) avant la synthèse d’ADNc et la préparation de librairies :

  • A partir d’ARN total eucaryotes : Capture des ARNm par leur queue polyA grâce à l’utilisation de billes magnétiques possédant une queue polyT
  • A partir d’ARN total procaryotes : Déplétion des ARNr grâce à leur capture par des sondes complémentaires. Enrichissement des échantillons en ARNm. Les librairies RNAseq sont principalement séquencées sur Illumina® : HiSeq®4000

 

Etapes techniques de la réalisation

Préparation des librairies

  • Contrôle qualité des ARN totaux fournis
  • Purification des ARNm
  • Reverse transcription des ARNm en ADNc 
  • Préparation des librairies Shotgun à partir des ADNc
  • Quantification et contrôle qualité des librairies par électrophorèse capillaire
  • Préparation du pool équimolaire et dilution à 2nM

 

Séquençage

Séquençage sur Illumina® : HiSeq®4000

Contrôle qualité des séquences produites

 

Résultats

  • Compte rendu technique de la prestation
  • Séquences brutes (fichiers FastQ) après démultiplexage.
  • Envoi des résultats sur disque dur externe

 

Analyses bioinformatiques

 

Nos avantages

  • Projets de transcriptomiques variés (humain, plantes, micro-organismes (bactéries, levures..))
  • Possibilité d’envoyer de l’ARN total
  • Aide au plan expérimental et montage projet pour déterminer la meilleure stratégie de séquençage
  • Extraction, quantification, purification, contrôle qualité des ARN
  • Construction, quantification et qualification des librairies
  • Démultiplexage des données
  • Analyse bio-informatique en option
  • Possibilité de faire de l’expression différentielle sans génome de référence
  • Compte rendu technique (et bio-informatique)
  • Un personnel scientifique dédié par projet.
  • Confidentialité

 

Métatranscriptomique

La métatranscriptomique permet l'analyse des ARN (procaryotes ou eucaryotes) de l'ensemble des organismes contenus dans un échantillon.

En fonction de vos besoins, vous pourrez :
- Effectuer une approche "séquençage de novo" (si vous n'avez pas de données de référence disponibles)
- Effectuer une approche de re-séquençage

Notre équipe vous accompagnera pour définir l'approche la plus adaptée à votre projet.

Nous vous aidons dans la détection de nouveaux transcrits ou des transcrits rares, l'identification de SNPs ou dans l'analyse d'expression relative de gènes.

 
Notre équipe de bioinformaticiens pourra vous accompagner dans l'analyse de vos données. Retrouvez nos solutions en Bioinformatique.

 

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N'hésitez pas à nous contacter pour nous parler de votre projet.