Typage de micro-organismes
Typage MLST - MLSA - MLVA, adaptation de procédés de typage de micro-organismes
Typage de micro-organismes par la méthode MLST/MLSA/MLVA (bactéries et autres micro-organismes)
Centres et laboratoires de référence, organismes de surveillance et de contrôle, cliniciens, épidémiologistes, industriels, Genoscreen vous propose le typage intra-espèce de vos micro-organismes à partir d'ADN extrait, de lysats ou de souches isolées sur gélose par la méthode MLST, MLSA ou MLVA.
La méthode MLST s'applique à un grand nombre de bactéries, ainsi qu'à certains champignons et certaines levures. La méthode MLSA est utilisée quand les gènes de ménage ne présentent pas suffisamment de polymorphisme. Nous utilisons ici à la fois les gènes de ménage et les gènes de virulence. La méthode MLVA s'intéresse elle aux Variable Number of Tandem Repeats (VNTR), et utilise l'analyse de fragments. Le nombre de régions répétées et les amorces sont différents selon l'espèce.
Nous pouvons également procéder à la soumission des nouveaux allèles et profils découverts à la banque de référence et vous transmettre les identifiants.
La méthode standardisée n'existe pas pour votre micro-organisme? Vous avez un projet sur un nombre de loci particulier? Nous pouvons vous proposer la mise au point du procédé de typage de vos souches et sa réalisation, à partir:
- d'un schéma existant adapté
- de conditions publiées disponibles
- d'un génome de référence
- suite au séquençage complet du génome d'intérêt
Quelques schémas déjà développés et disponibles:
- MLVA Francisella tularensis
- MLVA et MLST Escherichia coli
- MLSA Mycobacterium intracellulare
- MLST Bacillus du groupe cereus
- MLST Staphylococcus hominis
- MLST Streptococcus pneumoniae
- MLST Acinetobacter baumanii
Tout schéma MLST des bases pubmlst.org et mlst.net peut être rapidement mis en place sur demande.
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Typage de Staphylococcus aureus par la méthode SPA
Pour une analyse poussée de vos souches de Staphylococcus aureus, nous vous proposons le typage par séquençage du gène codant pour la protéine A, à partir d'ADN extrait ou de souches isolées sur gélose.
Typage de mycobactéries par la méthode MIRU (9, 12, 15 ou 24 marqueurs MIRU)
> Voir notre page consacrée au typage MIRU-VNTR
Consultez également nos pages séquençage de génomes bactériens et métagénomique
