Le séquençage haut débit du transcriptome (RNA-seq) a révolutionné les analyses quantitatives et qualitatives des organismes procaryotes et eucaryotes.

Il permet notamment de réaliser des analyses d’expression différentielle :

  • Mesure de l’abondance relative de transcrits
  • Identification des gènes exprimés de manière différentielle parmi différents groupes (tissus, traitements…)

Les applications

Le séquençage du transcriptome permet une analyse complète et objective des ARN messagers :

  • Expression différentielle : étude de variations d’expression de plusieurs transcriptomes
  • Annotation du transcriptome par comparaison avec une banque de référence
  • Recherche de l’ensemble des séquences spécifiques au transcriptome étudié
  • Analyse de SNP

L’offre GenoScreen

Deux méthodes sont utilisées pour enrichir la fraction d’ARN d’intérêt (ARNm) avant la synthèse d’ADNc et la préparation de librairies :

  • À partir d’ARN total eucaryote : Capture des ARNm par leur queue polyA
  • À partir d’ARN total procaryote ou eucaryote : Déplétion des ARNr grâce à leur capture par des sondes complémentaires. Enrichissement des échantillons en ARNm.

Les librairies RNAseq sont principalement séquencées sur Illumina® HiSeq®4000.

L’avantage GenoScreen

  • Équipe scientifique dédiée par projet.
  • Assistance à l’élaboration du plan expérimental et de la stratégie de séquençage  
  • Extraction, quantification, purification, contrôle qualité des ARN
  • Assistance à la prise en main des données et à l’interprétation des résultats
  • Analyse de l’expression différentielle sans génome de référence
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