Le barcoding moléculaire (DNA barcoding) est une technique de taxonomie moléculaire permettant de caractériser génétiquement un échantillon à partir d’un gène du génome mitochondrial (COI, 16S…).

Les applications

Cette application permet de classer des individus d’espèces inconnues ou d’identifier un échantillon par comparaison à une base de données.

Le barcoding permet notamment :

  • D’analyser des échantillons
  • D’identifier des espèces végétales ou animales (taxonomie)
  • D’analyser et de comparer la biodiversité dans des échantillons complexes (metabarcoding)

L’offre GenoScreen

GenoScreen propose une prestation complète de barcoding moléculaire :

  • Extraction à partir de nombreuses matrices conservées dans l’éthanol, le propylène, le glycol…
  • Amplification d’une région de génome mitochondrial ou chloroplastique adaptée à l’espèce étudiée (COI, 16S, Cytb, rbcL, matk)
  • Séquençage
  • Assemblage des séquences obtenues et alignement sur une séquence de référence ou sur la base de données NCBI

Dans le cas d’échantillons purs et uniques GenoScreen propose aussi un service de séquençage avec la technologie SANGER.

Dans le cas ou votre matrice initiale est complexe (assemblage de populations bactériennes par exemple), GenoScreen développe des solutions de metabarcoding par séquençage d’amplicons en NGS, pour obtenir des screenings d’échantillons : faune du sol, flore intestinale, récifs coralliens, etc.

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